UniDec
Universal Deconvolution of Mass and Ion Mobility Spectra
Namespaces | Functions | Variables
unidectools.py File Reference

Namespaces

 UniDec.unidec_modules.unidectools
 

Functions

def UniDec.unidec_modules.unidectools.isempty (thing)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.string_to_value (s)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.simp_string_to_value (s)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.string_to_int
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.safedivide (a, b)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.weighted_std (values, weights)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.interp_pos (array, target)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.interp_val (data, target)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.nearestunsorted (array, target)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.nearest (array, target)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.get_z_offset (mass, charge)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.predict_charge (mass)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.simchargefit (x2)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.get_tvalue
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.get_zvalue
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.integrate (data, start, end)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.center_of_mass
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.stepmax (array, index)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.localmax (array, start, end)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.localmaxpos (data, start, end)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.localmax2 (array, index, window)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.simple_extract
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.data_extract (data, x, extract_method, window=None, kwargs)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.data_extract_grid
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.kendrick_analysis
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.solve_for_mass
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.header_test (path)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.load_mz_file (path, config)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.zipdir (path, zip_handle)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.zip_folder (save_path)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.dataexport (datatop, fname)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.mergedata (data1, data2)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.mergedata2d (x1, y1, x2, y2, z2)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.auto_peak_width (datatop)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.auto_noise_level
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.average_bin_size (datatop)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.cal_data
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.datachop (datatop, newmin, newmax)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.datasimpsub (datatop, buff)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.datacompsub (datatop, buff)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.calc_local_mins (data, w)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.polynomial_background_subtract
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.savgol
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.savgol_background_subtract
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.intensitythresh (datatop, thresh)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.gsmooth (datatop, sig)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.nonlinear_axis (start, end, res)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.linear_interpolation (x1, x2, x)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.lintegrate (datatop, intx)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.linterpolate (datatop, intx)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.linearize (datatop, binsize, linflag)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.nonlinearize (datatop, num_compressed)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.removeduplicates (datatop)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.normalize (datatop)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.detectoreff (datatop, va)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.dataprep (datatop, config)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.unidec_call (exepath, configfile, silent=False, kwargs)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.peakdetect
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.mergepeaks (peaks1, peaks2, window)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.make_peaks_mztab (mzgrid, pks, adductmass)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.makespecfun (i, k, peaks_masses, adductmass, charges, xvals, ftab, xmax, xmin)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.make_peaks_mztab_spectrum (mzgrid, pks, data2, mztab)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.makeconvspecies (processed_data, pks, config)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.nonlinstickconv (xvals, mztab, fwhm, psfun)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.stickconv (mztab, kernel)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.make_alpha_cmap (rgb_tuple, alpha)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.color_map_array (array, cmap, alpha)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.lengths (array)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.combine (array2)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.combine_all (array2)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.make_isolated_match (oligos)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.make_all_matches (oligos)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.match
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.ndis_std
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.ndis (x, mid, fwhm, kwargs)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.ndis_fit (x, s, m, a, b)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.ldis
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.ldis_fit (x, s, m, a, b)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.splitdis
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.splitdis_fit (x, s, m, a, b)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.voigt
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.cconv (a, b)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.single_cwt
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.continuous_wavelet_transform
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.autocorr
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.cconvolve (xvals, mztab, fwhm, psfun)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.conv_peak_shape_kernel (xaxis, psfun, fwhm)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.make_peak_shape
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.gaussfit
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.psfit (x, s, m, a, b, psfun)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.voigt_fit
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.fit_peak (xvals, yvals, psfun, midguess, fwhmguess, aguess, bguess)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.isolated_peak_fit (xvals, yvals, psfun, kwargs)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.fft (data)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.fft_diff (data, diffrange=[500.)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.pad_data
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.pad_two_power (data)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.double_fft_diff
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.windowed_fft
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.win_fft_grid (rawdata, binsize, wbin, window_fwhm, diffrange)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.win_fft_diff
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.correlation_integration (dat1, dat2, alpha=0.01, plot_corr=False, kwargs)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.wide_sse (dat1, dat2, sig)
 
def UniDec.unidec_modules.unidectools.broaden (aligned)
 

Variables

int UniDec.unidec_modules.unidectools.is_64bits = sys.maxsize>2
 
string UniDec.unidec_modules.unidectools.dllname = "libmypfunc"
 
 UniDec.unidec_modules.unidectools.testpath = dllname
 
 UniDec.unidec_modules.unidectools.dllpath = testpath
 
tuple UniDec.unidec_modules.unidectools.pathtofile = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
 
tuple UniDec.unidec_modules.unidectools.libs = cdll.LoadLibrary(dllpath)