UniDec
Universal Deconvolution of Mass and Ion Mobility Spectra
Public Member Functions | Public Attributes | List of all members
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow Class Reference
Inheritance diagram for UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow:
Inheritance graph
[legend]
Collaboration diagram for UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow:
Collaboration graph
[legend]

Public Member Functions

def __init__
 
def setup_shortcuts (self)
 
def setup_menu (self)
 
def on_defaults (self, e)
 
def setup_main_panel (self)
 
def setup_tool_tips (self)
 
def import_config_to_gui (self)
 
def export_gui_to_config (self)
 
def menu_401_403 (self, event)
 
def clear_all_plots
 
def on_motion (self, xpos, ypos)
 
def on_about (self, e)
 
def on_exit (self, e)
 
def save_all_figures (self, extension, extension2='', e=0, header=None, kwargs)
 
def on_save_figure_eps (self, e)
 
def on_save_figure_png (self, e, kwargs)
 
def on_save_figure_pdf (self, e)
 
def on_save_figure_dialog (self, e)
 
def shrink_figure (self, plot)
 
def shrink_all_figures (self)
 
def on_save_figure_small (self, e)
 
def on_check_manual (self, e)
 
def on_mass_list (self, e)
 

Public Attributes

 pres
 
 config
 
 title
 
 version
 
 icon_path
 
 open_bmp
 
 next_bmp
 
 report_bmp
 
 A_bmp
 
 ud_bmp
 
 system
 
 displaysize
 
 tabbed
 
 imflag
 
 twave
 
 backgroundchoices
 
 filemenu
 
 toolsmenu
 
 analysismenu
 
 advancedmenu
 
 experimentalmenu
 
 menuOpen
 
 menuOpenRaw
 
 menuLoadState
 
 menuSaveState
 
 menupastespectrum
 
 menuLoad
 
 menuLoadDefault
 
 menuSaveDefault
 
 defaultmenu
 
 menuDefault1
 
 menuDefault2
 
 menuDefault3
 
 menufigdialog
 
 figmenu
 
 menuSaveFigure0
 
 menuSaveFigure1s
 
 menuSaveFigure1
 
 menuSaveFigure2
 
 menuSaveFigure4
 
 menuAbout
 
 menuExit
 
 menuBatch
 
 menuBatch2
 
 menuBatchRaw
 
 menuImportWizard
 
 menuAutoWidth
 
 menuWidth
 
 menuManualFile
 
 menuMassFile
 
 menuPlotZ
 
 menucollect
 
 menuExport
 
 menuFitNorm
 
 menukendrick
 
 menu2Dgrid
 
 menuautocorr
 
 menuintegrate
 
 menumatch
 
 menucom
 
 menuchargeplot
 
 menuoffset
 
 menuimtools
 
 menuimtools2
 
 menunativeccs
 
 menuReset
 
 menuUnidecPath
 
 menuFileName
 
 menuflipmode
 
 menufliptabbed
 
 Tweet
 
 menuAdditionalParameters
 
 menuDeisotope
 
 menuCrossValidate
 
 menucolor1d
 
 menusuperbatch
 
 menumassprocess
 
 menuerrors
 
 menucal
 
 menufft
 
 menugriddecon
 
 menuBar
 
 plot1
 
 plot2
 
 plot3
 
 plot4
 
 plot5
 
 plot6
 
 plot1im
 
 plot1fit
 
 plot2ccs
 
 plot5mccs
 
 plot5ccsz
 
 plot3color
 
 plot9
 
 plot10
 
 peakpanel
 
 openbutton
 
 procbutton
 
 udbutton
 
 ppbutton
 
 autobutton
 
 ctlminmz
 
 ctlmaxmz
 
 ctlmindt
 
 ctlmaxdt
 
 ctlsmoothdt
 
 ctlsubbuffdt
 
 subtypectl
 
 dataprepbutton
 
 ctlbuff
 
 ctlsmooth
 
 ctlbinsize
 
 ctlpusher
 
 ctlintthresh
 
 ctladductmass
 
 ctlaccelvolt
 
 ctlbintype
 
 ctlconvertflag
 
 ctltwave
 
 ctlvolt
 
 ctlpressure
 
 ctltemp
 
 ctlgasmass
 
 ctlto
 
 ctldriftlength
 
 ctltcal1
 
 ctltcal2
 
 ctledc
 
 ctlstartz
 
 ctlendz
 
 ctlmasslb
 
 ctlmassub
 
 ctlccslb
 
 ctlccsub
 
 ctlccsbins
 
 ctldtsig
 
 ctlmassbins
 
 ctlmzsig
 
 ctlpsfun
 
 rununidec
 
 ctlzzsig
 
 ctlmolig
 
 ctlmsig
 
 ctlcsig
 
 ctlnumit
 
 ctlpoolflag
 
 ctlisotopemode
 
 ctlmanualassign
 
 ctlmasslistflag
 
 ctlmtabsig
 
 ctlminnativez
 
 ctlmaxnativez
 
 ctlnativeccslb
 
 ctlnativeccsub
 
 ctlwindow
 
 ctlthresh
 
 ctlnorm
 
 plotbutton
 
 plotbutton2
 
 ctl2dcm
 
 ctlpeakcm
 
 ctldiscrete
 
 ctlpublicationmode
 
 ctlrawflag
 
 ctlthresh2
 
 ctlsep
 
 ctlintlb
 
 ctlintub
 
 replotbutton
 
 compositebutton
 
 cubeplotbutton
 
 pngs
 
 figsize
 
 rect
 

Detailed Description

Main UniDec GUI Window.

Constructor & Destructor Documentation

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.__init__ (   self,
  parent,
  title,
  config,
  iconfile = "logo.ico",
  tabbed = None 
)
initialize window and feed in links to presenter and config.

:param parent: GUniDec Presenter -> self.pres
:param title: Window title (string)
:param config: UniDecConfig object ->self.config
:return: None

Member Function Documentation

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.clear_all_plots (   self,
  flag = 0 
)
Clear All Plots
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.export_gui_to_config (   self)
Exports parameters from the GUI to the config object.
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.import_config_to_gui (   self)
Imports parameters from the config object to the GUI.
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menu_401_403 (   self,
  event 
)
Menu function to adjust the UniDec core function (agreesiveflag).
:param event: wx Event
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_about (   self,
  e 
)
Displays message about program
:param e:
:return:
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_check_manual (   self,
  e 
)
Checks the configuration to see if values for manual mode are set. If they are not,
it opens the window to set the manual assignments.
:param e: Dummy wx event passed on.
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_defaults (   self,
  e 
)
Resets the configuration to a default predefined in the unidecstructure file.
:param e: Menu event
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_exit (   self,
  e 
)
Exit the Program
:param e: Dummy wx event
:return: None

Here is the caller graph for this function:

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_mass_list (   self,
  e 
)
Checks the configuration to see if values for the mass list are set. If they are not,
it opens the window to set the mass list.
:param e: Dummy wx event passed on.
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_motion (   self,
  xpos,
  ypos 
)
Triggered by pubsub from plot windows. Reports text in Status Bar.
:param xpos: x position fed from event
:param ypos: y position fed from event
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_save_figure_dialog (   self,
  e 
)
Open dialog box to set the parameters for figure type, size, and path to save.
:param e: Dummy wx event
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_save_figure_eps (   self,
  e 
)
Save all figures as EPS
:param e: Dummy wx event
:return: None

Here is the call graph for this function:

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_save_figure_pdf (   self,
  e 
)
Saves all figures as PDF
:param e: Dummy wx event
:return: None

Here is the call graph for this function:

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_save_figure_png (   self,
  e,
  kwargs 
)
Save all figures as PNG
:param e: Dummy wx event
:param kwargs: keywards to pass to matplotlib savefig
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.on_save_figure_small (   self,
  e 
)
Preset to shrink figures to 4.5 in by 3 in and save as PDF.
:param e: Dummy wx event
:return: None

Here is the call graph for this function:

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.save_all_figures (   self,
  extension,
  extension2 = '',
  e = 0,
  header = None,
  kwargs 
)
Save All of the Figures. Will name as header+extension2+_FigureX.+exetension
:param extension: Figure type (pdf, eps, png). Anything accepted by matplotlib
:param extension2: Additional text to include in the figure header.
:param e: Dummy wx Event
:param header: Option to add different header. Default of none yields self.outfname as the path header
:param kwargs: Any keywards to pass to the matplotlib savefig command such as Transparent or DPI
:return: figureflags, files (the figures that were successfully saved and the files that they were saved to)

Here is the caller graph for this function:

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.setup_main_panel (   self)
Lays Out Main Panel. Binds some functions to presenter.
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.setup_menu (   self)
Sets menu and binds menu objects to functions in presenter and window
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.setup_shortcuts (   self)
Setup shortcuts in GUI. Binds key combinations to functions in presenter (self.pres)
:return: None

Here is the call graph for this function:

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.setup_tool_tips (   self)
Sets Tool Tips for items on the Main Panel
:return: None
def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.shrink_all_figures (   self)
Shrinks all figures to the size specified in self.figsize
:return: A list of plot objects that we shrunk

Here is the call graph for this function:

Here is the caller graph for this function:

def UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.shrink_figure (   self,
  plot 
)
Automatically shrinks the plot to a figure size in inches set in self.figsize.
:param plot: Plot object to shrink
:return: None

Here is the caller graph for this function:

Member Data Documentation

UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.A_bmp
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.advancedmenu
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.analysismenu
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.autobutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.backgroundchoices
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.compositebutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.config
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctl2dcm
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlaccelvolt
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctladductmass
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlbinsize
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlbintype
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlbuff
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlccsbins
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlccslb
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlccsub
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlconvertflag
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlcsig
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctldiscrete
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctldriftlength
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctldtsig
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctledc
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlendz
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlgasmass
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlintlb
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlintthresh
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlintub
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlisotopemode
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmanualassign
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmassbins
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmasslb
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmasslistflag
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmassub
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmaxdt
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmaxmz
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmaxnativez
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmindt
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlminmz
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlminnativez
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmolig
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmsig
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmtabsig
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlmzsig
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlnativeccslb
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlnativeccsub
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlnorm
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlnumit
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlpeakcm
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlpoolflag
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlpressure
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlpsfun
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlpublicationmode
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlpusher
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlrawflag
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlsep
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlsmooth
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlsmoothdt
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlstartz
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlsubbuffdt
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctltcal1
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctltcal2
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctltemp
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlthresh
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlthresh2
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlto
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctltwave
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlvolt
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlwindow
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ctlzzsig
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.cubeplotbutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.dataprepbutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.defaultmenu
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.displaysize
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.experimentalmenu
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.figmenu
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.figsize
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.filemenu
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.icon_path
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.imflag
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menu2Dgrid
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuAbout
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuAdditionalParameters
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuautocorr
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuAutoWidth
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuBar
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuBatch
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuBatch2
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuBatchRaw
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menucal
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuchargeplot
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menucollect
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menucolor1d
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menucom
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuCrossValidate
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuDefault1
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuDefault2
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuDefault3
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuDeisotope
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuerrors
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuExit
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuExport
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menufft
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menufigdialog
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuFileName
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuFitNorm
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuflipmode
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menufliptabbed
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menugriddecon
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuImportWizard
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuimtools
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuimtools2
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuintegrate
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menukendrick
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuLoad
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuLoadDefault
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuLoadState
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuManualFile
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuMassFile
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menumassprocess
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menumatch
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menunativeccs
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuoffset
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuOpen
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuOpenRaw
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menupastespectrum
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuPlotZ
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuReset
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuSaveDefault
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuSaveFigure0
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuSaveFigure1
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuSaveFigure1s
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuSaveFigure2
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuSaveFigure4
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuSaveState
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menusuperbatch
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuUnidecPath
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.menuWidth
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.next_bmp
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.open_bmp
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.openbutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.peakpanel
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot1
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot10
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot1fit
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot1im
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot2
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot2ccs
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot3
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot3color
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot4
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot5
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot5ccsz
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot5mccs
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot6
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plot9
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plotbutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.plotbutton2
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.pngs
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ppbutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.pres
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.procbutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.rect
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.replotbutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.report_bmp
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.rununidec
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.subtypectl
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.system
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.tabbed
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.title
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.toolsmenu
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.twave
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.Tweet
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.ud_bmp
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.udbutton
UniDec.unidec_modules.mainwindow.Mainwindow.version

The documentation for this class was generated from the following file: